ECTS credits ECTS credits: 3
ECTS Hours Rules/Memories Student's work ECTS: 51 Hours of tutorials: 3 Expository Class: 9 Interactive Classroom: 12 Total: 75
Use languages Spanish, Galician
Type: Ordinary subject Master鈥檚 Degree RD 1393/2007 - 822/2021
Departments: Biochemistry and Molecular Biology, Organic Chemistry, External department linked to the degrees
Areas: Biochemistry and Molecular Biology, Organic Chemistry, 脕rea externa M.U en Investigaci贸n Biom茅dica (2陋 ed)
Center Faculty of Medicine and Dentistry
Call: First Semester
Teaching: With teaching
Enrolment: Enrollable
Conocer las t茅cnicas de an谩lisis de prote铆nas a nivel molecular, en particular las relacionadas con su identificaci贸n (prote贸mica) y con la determinaci贸n de su estructura tridimensional (cristalograf铆a de rayos X y espectroscop铆a de RMN). Se destacar谩 el gran potencial de estas t茅cnicas en el campo de la biomedicina, present谩ndose ejemplos de aplicaciones. El objetivo fundamental de la materia es que el alumnado se convierta en 鈥渦suario inteligente鈥 de estas t茅cnicas, es decir, que sepan qu茅 tipo de cuestiones se pueden resolver con ellas en el contexto de la investigaci贸n biom茅dica.
PRIMERA PARTE: PROTE脫MICA
Clases expositivas (4.5 horas)
-Tema 1. Introducci贸n a la Prote贸mica. Definici贸n de Proteoma y Prote贸mica. Objetivos de la Prote贸mica. Conceptos. Aplicaciones. 1 hora.
-Tema 2. Dise帽o experimental. Factores importantes a tener en cuenta antes de iniciar un estudio prote贸mico. Fase preanal铆tica: tipos de muestras, complejidad, rango din谩mico, adecuaci贸n, variabilidad biol贸gica y factores fisiol贸gicos, patol贸gicos e iatrog茅nicos que le afectan, variabilidad t茅cnica y fraccionamiento/pre-fraccionamiento. Fase anal铆tica. Fase postanal铆tica. Tipos de errores. 3.5 horas.
Seminarios (10 horas): Aproximaciones metodol贸gicas en Prote贸mica y cuestiones pr谩cticas.
-Seminario 1 (2h). Estrategias prote贸micas basadas en geles (t茅cnicas prote贸micas cl谩sicas). Electroforesis. Fundamento y tipos. Electroforesis bidimensional. Primera dimensi贸n: Isoelectroenfoque. Segunda dimensi贸n: SDS-PAGE. Aplicaciones. Problemas. M茅todos de te帽ido. Visualizaci贸n de modificaciones postraduccionales. An谩lisis de imagen. Bases de datos.
-Seminario 2 (8h). Estrategias prote贸micas no basadas en geles (t茅cnicas prote贸micas m谩s modernas). Cromatograf铆a bidimensional (MudPit, 鈥渟hot gun proteomics鈥). La espectrometr铆a de masas (MS) como t茅cnica clave para la investigaci贸n prote贸mica. Principios b谩sicos de la MS. M茅todos de ionizaci贸n. Analizadores de masa y espectr贸metros de masa. An谩lisis e interpretaci贸n de datos de MS y prote贸micos. An谩lisis de datos de MS/Huella pept铆dica (PMF). An谩lisis de datos de MS/MS. Cuantificaci贸n. Ejercicios pr谩cticos que consistir谩n en la identificaci贸n y caracterizaci贸n de prote铆nas mediante MS (PMF) y MS/MS (PFF).
SEGUNDA PARTE: ESTRUCTURA DE PROTE脥NAS
Clases expositivas (4.5 horas): T茅cnicas de determinaci贸n estructural de prote铆nas.
-Tema 3. Estructura tridimensional de las prote铆nas. Generalidades. Expresi贸n y purificaci贸n de prote铆nas para determinaci贸n estructural. 0.5 horas.
-Tema 4. Determinaci贸n estructural mediante cristalograf铆a de rayos X. Cristalizaci贸n. Difracci贸n. Resoluci贸n de estructuras. 2 horas.
-Tema 5. Determinaci贸n estructural mediante resonancia magn茅tica nuclear (RMN). Espectros de RMN. Marcaje isot贸pico. Interpretaci贸n de espectros y c谩lculo de estructuras. Estudio de interacciones prote铆na/prote铆na y prote铆na/ligando. 2 horas
Seminarios (2 horas): discusi贸n de art铆culos de investigaci贸n y protocolos experimentales.
Bibliograf铆a b谩sica
Corrales, F., Calvete, J.J. eds., 2014. Manual de prote贸mica. Valencia: Sociedad Espa帽ola de Prote贸mica.
Issaq, H.J. e Veenstra, T.D. eds., 2020. Proteomic and metabolomic approaches to biomarker discovery. 2nd ed. [en li帽a] San Diego: Academic Press. Dispo帽ible en
Lovrik, J., 2011. Introducting Proteomics: from concepts to sample separation, mass spectrometry and data analysis. 1st ed. Hoboken: Wiley-Blackwell.
Liebler, D.C., 2002. Introduction to proteomics: tools for the new biology. 1st ed. Totowa: Humana Press
Veenstra, T.D. e Iates, J.R. eds., 2019. Proteomics for biological discovery. 2nd ed. Hoboken: Wiley-Blackwell.
Cavanagh, J., Fairbrother, W.J., Palmer III, A.G., Skelton, N.J., Rance, M. 2006. Protein NMR spectroscopy: principles and practice. 2nd ed. Amsterdam; Boston: Academic Press.
Rhodes, G. 2006. Crystallography made crystal clear: a guide for users of macromolecular models. 3rd ed. Amsterdam; Boston: Elsevier/Academic Press.
Bibliograf铆a complementaria
Expasy:
Human Proteome Map:
ProteomicsDB:
A. Wlodawer, W. Minor, Z. Dauter, M. Jaskolski. 鈥淧rotein crystallography for non-crystallographers, or how to get the best (but not more) from published macromolecular structures.鈥 FEBS Journal 2007, 275, 1鈥21.
A. H. Kwan, M. Mobli, P. R. Gooley, G. F. King, J. P. Mackay. 鈥淢acromolecular NMR spectroscopy for the non-spectroscopist.鈥 FEBS Journal 2011, 278, 687鈥703.
B脕SICAS Y GENERALES.
CG1 - Saber aplicar las t茅cnicas adecuadas para la resoluci贸n de un problema concreto de Biomedicina, y poder llevar a cabo un proyecto de investigaci贸n en la materia bajo supervisi贸n, no s贸lo en los temas cubiertos por las asignaturas, sino en contextos m谩s amplios o incluso multidisciplinares.
CG2 - Poder emitir juicios sobre hip贸tesis, propuestas experimentales o experimentos ya realizados del campo de la investigaci贸n biom茅dica, tanto sobre la validez cient铆fica como sobre aspectos 茅ticos y sociales de lo enjuiciado.
CG3 - Ser capaz de trabajar en equipo en un ambiente multidisciplinar para conseguir objetivos comunes desde perspectivas diferenciadas.
CG4 - Ser capaz de comunicar sus propuestas, experimentos, resultados, conclusiones y cr铆ticas tanto ante p煤blicos especializados como no especializados.
CG5 - Poseer las habilidades de aprendizaje necesarias para mantenerse al d铆a en el campo de la investigaci贸n biom茅dica y sus t茅cnicas de forma aut贸noma.
TRANSVERSALES
T01 - Resoluci贸n de problemas
T02 - T茅cnicas de aprendizaje aut贸nomo
T03 - Razonamiento cr铆tico
T04 - Dominio de idiomas extranjeros
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CE2 - Conocer la anatom铆a del genoma, la informaci贸n obtenida por el proyecto genoma humano, la distribuci贸n de alelos en las poblaciones humanas y las t茅cnicas usadas para estudiar el genoma
CE3 - Desarrollar la habilidad de entender las alteraciones e identificar posibles puntos de intervenci贸n terap茅utica de cualquier enfermedad que se pueda encontrar como objeto de estudio en su carrera profesional
CE5 - Ser capaz de dise帽ar experimentos en el campo de la Biomedicina, aplicando las t茅cnicas adecuadas para responder a la pregunta pertinente.
CE6 - Desarrollar habilidad pr谩ctica en el laboratorio de Biomedicina. Ser capaz de seguir un protocolo experimental de forma aut贸noma.
Clases te贸ricas (expositivas).
El profesorado explicar谩 los contenidos de la materia, incluyendo pautas para el uso de la bibliograf铆a y para resolver problemas. El material did谩ctico estar谩 a disposici贸n del alumnado en el campus virtual.
Seminarios.
La asistencia es obligatoria. Se resolver谩n aplicaciones de la teor铆a y se pondr谩n ejemplos con herramientas de bioinform谩tica. Estas clases se desarrollar谩n bien en el aula de inform谩tica o bien con los ordenadores de los estudiantes. En las clases interactivas tambi茅n se discutir谩n art铆culos de investigaci贸n. En todos los casos ser谩 fundamental la participaci贸n del alumnado.
罢耻迟辞谤铆补蝉.
En caso de encontrar dificultades, los alumnos podr谩n consultar al profesorado en las tutor铆as.
Prueba final.
Ser谩 obligatoria y podr铆a ser presencial.
Trabajo aut贸nomo del estudiante.
Ejercicios propuestos en clase que deber谩n ser resueltos de manera individual y entregadas en plazo por todos los alumnos (actividad obligatoria y evaluable). El seguimiento de estas actividades de evaluaci贸n continua se har谩 mediante la entrega peri贸dica, los seminarios y las tutor铆as.
Campus Virtual (Moodle). Se mantendr谩 activa un aula virtual en la que el profesorado publicar谩 los materiales did谩cticos, cuestionarios on line, anuncios, etc. Tambi茅n se emplear谩 para la entrega de tareas de los alumnos, as铆 como para la realizaci贸n de pruebas de evaluaci贸n continua y final en su caso.
Plataforma Microsoft TEAMS. Se emplear谩 en tutor铆as si fuera necesario, y en general para comunicaciones de voz y v铆deo entre los estudiantes y el profesorado.
Criterio general.
La evaluaci贸n ser谩 igual para todos los alumnos en las dos oportunidades. La calificaci贸n final ser谩 el promedio ponderado entre la evaluaci贸n continua y la prueba final, con los siguientes valores: 40% continua y 60% prueba final.
Criterios espec铆ficos de la evaluaci贸n.
EVALUACI脫N CONTINUA (40% de la nota). La evaluaci贸n continua tendr谩 en cuenta la asistencia y participaci贸n en las clases, as铆 como la entrega y/o presentaci贸n de trabajos individuales y de grupo. Competencias evaluadas: todas.
PRUEBA FINAL (60% de la nota). La prueba final cubrir谩 todos los aspectos relacionados con los contenidos de la materia. La nota de evaluaci贸n continua solamente ser谩 sumada a la de la prueba final si se supera un 40% de la nota m谩xima correspondiente a dicha prueba. Competencias evaluadas: todas.
Horas presenciales: 26 h
Horas de trabajo aut贸nomo: 24 h x 2 (factor de trabajo alumnado) = 48 h
Total: 72 h
Se recomienda la asistencia y participaci贸n en clase, as铆 como el estudio de la materia de manera continuada y el uso del material bibliogr谩fico.
Es aconsejable que el alumnado tenga conocimientos previos de Bioqu铆mica y Qu铆mica.
IMPORTANTE: Para los casos de realizaci贸n fraudulenta de ejercicios o pruebas ser谩 de aplicaci贸n lo recogido en la "Normativa de evaluaci贸n del rendimiento acad茅mico de los estudiantes y de revisi贸n de calificaciones".
Queda terminantemente prohibida la distribuci贸n, por cualquier medio y sin consentimiento de los profesores, de cualquier material docente, haya sido proporcionado por el aula virtual o por otros medios.
Francisco Javier Salgado Castro
- Department
- Biochemistry and Molecular Biology
- Area
- Biochemistry and Molecular Biology
- Phone
- 881816928
- franciscojavier.salgado [at] usc.es
- Category
- Professor: University Lecturer
Susana Belen Bravo Lopez
- Department
- External department linked to the degrees
- Area
- 脕rea externa M.U en Xen贸mica e Xen茅tica
- susanabelen.bravo [at] usc.es
- Category
- External area professional_m谩x. 30 h
Victor Manuel Sanchez Pedregal
- Department
- Organic Chemistry
- Area
- Organic Chemistry
- Phone
- 881814221
- victor.pedregal [at] usc.es
- Category
- Professor: University Lecturer
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| 10:30-12:30 | Grupo /CLE_01 | Spanish | Aulario-Classroom 10 |